AgenaMassARRAY
MassARRAY平台年1-4月发表文献累计多篇，包含甲基化定量检测，肿瘤体细胞突变检测，关联分析和药物遗传学分析，遗传病筛查，植物个体及品系鉴定等多方面的应用，以下选取10篇代表性文献解读：
甲基化定量检测Genome-wideDNAmethylationprofilinginearlystageIlungadenocarcinomarevealspredictiveaberrantmethylationinthepromoterregionofthelongnon-codingRNAPLUT-anexploratorystudy.基因组范围内甲基化谱分析表明lncRNAPLUT启动子区域异常甲基化可用于I期肺腺癌复发风险预测因子手术是I期肺腺癌的治疗方案之一，但有一定比例患者会在术后1-2年内复发，预后判断缺乏有效的指标。本研究目的是确定甲基化标记用于早期复发指标以帮助治疗方案选择。研究者对30名I期肺腺癌患者（包括14名早期复发患者和16名长期无复发患者）进行全基因组甲基化免疫沉淀（MCIp）-二代测序分析。发现的差异甲基化位点，使用MassARRAYEpityper方法在两个亚组人群中进行了验证。最终确定lncRNAPLUT启动子高甲基化可作为I期肺腺癌患者复发风险预测因子。
BRCA1PromoterHypermethylationisAssociatedwithGoodPrognosisandChemosensitivityinTriple-NegativeBreastCancerBRCA1启动子高甲基化与三阴乳腺癌化疗预后相关研究者对个未化疗过的三阴乳腺癌患者，使用MassARRAYEpityper对BRCA1基因启动子区域进行甲基化分析，与MS-PCR结果高度一致，发现BRCA1的高甲基化与三阴乳腺癌的良好预后及化疗敏感性相关。
小编点评：MassARRAY可实现稳定可靠的甲基化标志物定量检测，相比其它技术MassARRAY有着低成本大通量的优势，适用于人群研究或临床转化应用。
肿瘤体细胞突变液体活检
Pre-analyticalfactorsaffectingtheestablishmentofasingletubeassayformultiparameterliquidbiopsydetectioninmelanomapatients
检测前相关因素影响对黑色素瘤单管多重检测方法的建立从单个采血管中同时检测多个液体活检标志物可以为肿瘤患者的肿瘤进展和变异评估提供更完整的信息。本文研究者使用EDTA，Streck和Transfix三种管子测试血浆中循环肿瘤细胞(CTC)，循环肿瘤DNA(ctDNA)以及cell-freemiRNA等指标。
本文中UltraSEEKmelanomapanel用于ctDNA液体活检测试，使用EDTA和Streck两种采样管分别检测，66.7%的样品（8/12)检出突变，检出突变最低值0.2%。作者认为这个panel能为大多数患者提供相关变异信息，考虑到低VAF变异建议采取技术重复以确认结果。
小编点评：基于MassARRAY平台的UltraSEEK系列panel可以检测低至0.1%的低频突变，仅需10ngDNA即可检测数十个肿瘤热点突变，可用于血浆ctDNA液体活检。
疾病关联分析药物遗传学分析
MicroRNA--mediatedregulationofMAPK10relieson3′UTRcis-actingvariantsandcontributestothealteredriskofHirschsprungdiseasemiRNA-介导的MAPK10调控依赖于3’UTR顺式作用变异，并对先天性巨结肠的发病风险有影响先天性巨结肠症(Hirschsprungdisease,HD)是小儿常见的消化道畸形，近期研究表明miRNA-会显著抑制细胞迁移，而MAPK10作为它的潜在作用靶点，与HD的发病有关。本文招募了总共病例和正常对照，通过MassARRAY分析13个相关基因突变，发现MAPK10的3UTR位点与发病风险相关，后续体外表达实验验证该突变确实影响miRNA-对MAPK10的表达调控。
GeneticvariantsinRET,ARHGEF3andCTNNAL1,andrelevantinteractionnetworks,contributetotheriskofHirschsprungdiseaseRET，ARHGEF3和CTNNAL1基因变异和基因相互作用网络与先天性巨结肠症发病风险相关遗传因子和基因-基因相互作用是先天性巨结肠症(Hirschsprungdisease,HD)的主要发病风险因子，本研究招募病例和正常对照，根据之前的GWAS研究及基因-基因相互作用分析选取RET，ARHGEF3和CTJJAL1三个基因进行分析，通过MassARRAY分析38个SNP位点，确认三个基因均与发病风险相关联，并且有基因间相互作用。
TheImpactsofGenePolymorphismsonMethotrexateinChinesePsoriaticPatients基因多态性对中国银屑病患者氨甲蝶呤治疗的影响在中国，氨甲蝶呤(Methotrexate,MTX)是治疗银屑病（psoriasis）的一线药物。MTX在人体内的代谢涉及到多个基因，之前的研究表明基因多态性显著影响MTX的疗效，本研究针对中国人群进行了多态性与药效的关联研究。作者招募了名患者，每人至少使用MTX治疗8周，根据银屑症状面积和严重程度量表（PASI75）将患者分为治疗有效组和无效组，使用MassARRAYiPLEX方法检测16SNPs进行分析，确认ABCB1基因的一个变异位点与中重度患者的MTX疗效有关。
Single-nucleotidepolymorphismsofHLAandPolygonummultiflorum-inducedliverinjuryintheHanChinesepopulation中国人群中HLA的SNP与何首乌导致的肝损伤分析在中国，何首乌（Polygonummultiflorum,PM）是中草药导致肝损伤的主要原因之一。之前有研究报导HLA-B*35：01为潜在的何首乌肝损伤（PM-DILI）标志物。本研究从小样品（8case8control）的全外显子测序结果中选取19个SNP位点，使用MassARRAYiPLEX方法在更大的样本中研究这些SNP与PM-DILI的关系。本研究一共招募个体，包括73PM-DILI，例其它药物肝损伤，例正常人，研究结果表明HLA-A，HLA-B和HLA-DRB1基因上的3个SNP可作为PM-DILI的的风险预测因子。
小编点评：关联分析和药物遗传学分析是使用MassARRAY平台发表论文最常见的形式之一，收集到合适的样本和相关指标，MassARRAY平台可以轻松完成大量样本的候选基因分型工作。
遗传病筛查ScreeningofPAHCommonMutationsinChinesePhenylketonuriaPatientsUsingiPLEXMALDI-TOFMS使用IPLEX方法筛查中国苯丙酮尿症患者的常见突变苯丙酮尿症（PKU）是常见常染色体隐性遗传代谢病。PKU可由苯丙氨酸羟化酶PAH基因变异导致，传统分析方法如Sanger测序和二代测序因成本高且耗时而不适合于高风险地区的筛查。本研究通过MassARRAYiPLEX方法开发了一个panel可检测29种常见的PAH基因变异，可覆盖中国人群66.5%-72.6%的患者。作者使用该方法对50名确诊患者进行了测试，结果表明该29panel可%检出预设的变异。
小编点评：MassARRAY可低成本实现多位点（10-位点）快速检测，目前在遗传病筛查中有着大量成熟应用（囊性纤维化，耳聋等），国家卫生计生委科学技术研究所在该文中使用MassARRAY平台开发的苯丙酮尿症的遗传基因检测panel，可低成本快速检测29个常见的PAH基因变异。
植物个体品系鉴定ForensicvalidationofaSNPandINDELpanelforindividualisationoftimberfrombigleafmaple(AcermacrophyllumPursch)SNP和INDELpanel用于法医学鉴定大叶枫木材个体非法盗伐是世界上最大的非法贸易之一，因为其有高利润且整体上较低的被发现或起诉风险。木材鉴定是执法的难点问题，传统的解剖学或年轮方法经常难以确信地将物证木材与非法伐倒的木桩匹配。本研究使用MassARRAYiPLEX开发SNP和Indelpanel，用于鉴定大叶枫个体，以应对美国常见的盗伐情况。作者对个样品做了验证测试，确认该方法可达到高水平的分辨能力，可以实现稳定可靠的木材个体鉴定。
Genome-wideintrogressionfromabreadwheat×Lophopyrumelongatumamphiploidintowheat
从普通小麦X长穗偃麦草双倍体到小麦全基因组范围内的间渗杂交二倍体长穗偃麦草（Lophopyrumelongatum）拥有许多对小麦遗传和育种有价值的性状。研究人员将杂交后的麦草间渗杂交给小麦，使用MassARRAY和小麦基因芯片进行基因分型来评估几种不同的杂交策略。具体方法为使用MassARRAY分析平均分布于7个染色体的97个SNP，对杂交得到的个间渗杂交系（RILs）进行了基因分型，鉴定出个ILs有一个或多个完整或重组的E-基因组染色体。
小编点评：MassARRAY在动植物相关研究中有很多的应用，如品系/个体鉴定和育种等。可自行灵活设计的多重检测panel给予用户无限的应用可能，执法部门可以用来确认木材盗伐证据，育种研究者可以用来做育种品系分析。此外，针对人类的个体鉴定，部分农作物或动物的品系鉴定我们也有相应的成熟方案。
参考文献
1.Kim-Wanner,S.-Z.etal.Genome-wideDNAmethylationprofilinginearlystageIlungadenocarcinomarevealspredictiveaberrantmethylationinthepromoterregionofthelongnon-codingRNAPLUT-anexploratorystudy.J.Thorac.Oncol.()doi:10./j.jtho..03..
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3.Schneegans,S.etal.Pre-analyticalfactorsaffectingtheestablishmentofasingletubeassayformultiparameterliquidbiopsydetectioninmelanomapatients.Mol.Oncol.()doi:10.2/-..
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5.Wang,Y.etal.GeneticvariantsinRET,ARHGEF3andCTNNAL1,andrelevantinteractionnetworks,contributetotheriskofhirschsprungdisease.Aging(Albany.NY).12,–().
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9.Dormontt,E.E.etal.ForensicvalidationofaSNPandINDELpanelforindividualisationoftimberfrombigleafmaple(AcermacrophyllumPursch).ForensicSci.Int.Genet.46,().
10.Xu,J.etal.Genome-wideintrogressionfromabreadwheat×Lophopyrumelongatumamphiploidintowheat.Theor.Appl.Genet.,–().
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